MrBayes的分析策略

如果要發表的話，建議分析要跑到一百萬個generations以上，當然也要看taxa和序列長度而定，taxa越多或序列/特徵越多，分析就應該更長。不過由於分析可能會跑很久，尤其如果電腦運算不快的話，可能要跑好幾天，所以可以先跑短一點的分析來推算時間。到底分析要跑多長請用懶人版提到的兩個參數來判斷：PSRF接近1.0、standard deviation of split frequencies至少小於0.01。

一開始可以跑一萬個generations，假設要花10分鐘，那麼一百萬個generations就大約要1000分鐘，也就是大約16.7小時左右。如果先不設定burnin或是burnin設為0，跑完可以用sump這個指令去看大約在什麼時候達到穩定，就可以知道burnin值至少要設定為多少，例如下圖：

從這個圖就可以知道10000個generations的分析，但是burnin至少要設為1000。而第1000 generations以後並不是就沒有變化，而只是呈現white noise的狀態。

而關於得到的樹，可以按照完整版的說明處理，或是用PAUP*軟體打開樹的檔案，再用Majority rule的方法來得到consensus tree，所顯示的數值即為Bayesian support values，或稱為credibility values，不過請注意這不是bootstrap value。Bayesian的可信度或是支持率是事後機率(posterior probabilities)，而bootstrap value則是resampling的百分比。有不少人懷疑Bayesian分析所得到的support values或credibility values是否可信，其實這很難比較，有興趣的可以找這篇文章(Comparison of Bayesian and Maximum Likelihood Bootstrap Measures of Phylogenetic Reliability)先看看，再延伸看相關文章。而我個人還是習慣用MEGA軟體來打開樹的檔案和運算consensus tree，如同BAMBE一文中最後說的那樣。

PS: 在MrBayes軟體中，有些用法和DOS很類似，例如如果在命令提示字元後面按鍵盤的上下鍵，就會自動跑出剛剛曾經輸入過的指令，而如果要退出這個軟體，可以輸入q或quit，而execute可以用exe代替，yes或no可以只打y或n。如果有要查詢什麼，就打help或是help加上要查詢的部份，例如help mcmc等。