MrBayes軟體使用教學(懶人版)

軟體請到MrBayes官方網站下載。本教學翻譯自MrBayes的wiki，這只是Tutorial 3.2的Quick Start Version。

本程式教學使用primates.nex當作範例。

Quick Start Version（懶人版）

要用MrBayes分析類緣關係有四個步驟：

1. 讀取Nexus檔案（Read the Nexus data file）

2. 設定演化模型（Set the evolutionary model）

3. 跑分析（Run the analysis）

4. 對樣本數進行摘要擷取（Summarize the samples）

1. 在MrBayes>命令提示字元後面，輸入execute primates.nex。這個動作會把資料帶進程式。不過請留意MrBayes會假設你把資料檔案(primates.nex)放在和MrBayes程式同一個資料夾，如果你的資料檔案放在其他地方，請輸入資料檔案的路徑，例如 execute ../taxa/primates.nex。不過建議把資料檔案放在MrBayes檔案夾裡面，比較不會有問題。如果使用自己的資料，而且資料裡面已經有一些MrBayes程式的指令，那可能會影響會改變這個懶人版程式教學的執行過程，所以可以先刪除那些指令或是把那些指令放在[]中括號裡面。

2. 在MrBayes>命令提示字元後面，輸入lset nst=6 rates=invgamma。這是為了要設定演化模型成為GTR模型，而且DNA序列有gamma-distributed rate variation across sites and a proportion of invariable sites。如果你的資料不是DNA或RNA，如果你要選model，或是你要改變其他設定，請看使用手冊。

3.1 在MrBayes>命令提示字元後面，輸入mcmc ngen=10000 samplefreq=10。這樣會讓你至少從事後機率分佈(posterior probability distribution)得到一千個樣本。如果是大型資料，你可能會想要跑更多的分析，而採樣的頻率會減少（程式預設是一百萬個generation，採樣頻率則是百分之一），在這種情況下，你可以預測分析大概所需要花的時間是多少。

3.2 如果在10000 generations以後，standard deviation of split frequencies小於0.01，當程式問 "Continue the analysis? (yes/no)"的時候就回答no停止程式，如果大於0.01則繼續增加generations直到小於0.01。

4.1 輸入sump burnin=250來對參數值進行摘要擷取（250或是25%的generations）。程式會自己輸出樣本的鹼基取代模型參數，包括各種參數的平均值、模式和95%的信賴區間。請確認所有參數的potential scale reduction factor (PSRF)接近1.0，如果沒有的話請跑更長的分析（請看步驟4.2的第一張圖，表格最右邊那一欄就是PSRF）。

4.2 輸入sumt burnin=250來對演化數進行摘要擷取（250或是25%的generations）。程式會自己輸出一棵每個分支都有事後機率(posterior probabilities)的支序樹（cladogram），以及一顆有平均分支長度(mean branch lengths)的譜系樹（phylogram）。這些樹可以被 TreeView, MacClade, Mesquite等軟體讀取、列印和編輯。