請連結到MrBayes Block Form。(New Link)在MrBayes懶人版或是完整版裡面，已經有提到各種設定和指令，不過都要一個指令一個指令慢慢輸入，很容易有打錯字、忘記打過什麼、不確定已經輸入的參數對不對的問題，而就有好心人弄了一個網站，做了一個比懶人版還要更懶更方便更好用的方法，滑鼠點幾下，複製貼上就可以了，真好。
請先連結到上面那個網站，然後按照步驟來：
1. Base file name for results:請在這一格裡面輸入你希望分析結果的檔案名稱是什麼，預設是result，你也可以改成Fish1、Fish2等等的。這樣MrBayes分析完就會輸出Fish1.t、Fish1.con等檔案。
2. number of substitution types (nst)：請選擇一個model吧！有三個選項：1 (J69 or F81) 2 (K80 or HKY85) 6 (GTR)
3. form of the nucleotide substitution model (nucmodel) ：也有三個選項，詳細解釋請看MrBayes完整版。doublet、4by4 、codon
4. enforces use of a particular genetic code (code)：如果nucmodel選擇codon的話，這裡才需要設定，看要分析的資料屬於哪一種。
5. rate variation across sites (rates)：有五個選項。
6. rate number of gamma rate categories (ngammacat)：有三個選項：正常、較長的分析、更長的分析。
7. assigns a taxon to the outgroup (outgroup)：請輸入外群的號碼或名字
8. number of generations (ngen)：這個網站建議測試時設定為10000，用來發表請至少設定為500000。
9. number of independent analyses to start simultaneously (nruns)：例如完整版的設定為2。
10. how often to attempt swaps of states between chains (swapfreq)：例如完整版的設定為1。
11. samplefreq：每幾個generations採樣一顆樹。例如完整版的設定為100。
12. printfreq：幾個generations在螢幕上秀出結果。例如完整版的設定為100。
13. number of chains (nchains) ： 例如完整版的設定為four。
14. save tree branch lengths (savebrlens) ：如果要儲存分支長度請選yes。
15. should taxa should be ordered before printing trees to file? (ordertaxa) ：要不要在輸出樹之前，taxa要先被排序。
16. burnin：這個網站建議測試時設定為100，用來發表請至少設定為1000以上，或是用25%的ngen來設定。
17. consensus tree type (contype)：看要用哪一種方法做出consensus tree。
18. should tree probabilities print to screen? (showtreeprobs)：一般選no即可。
現在假設我完全按照這個網站的預設值，然後按Make MrBayes block，會得到這些結果：
可以把這些文字複製後，直接貼在要分析的資料下面就可以了。例如原本的資料Nexus檔案為：
#NEXUS
begin data;
dimensions ntax=12 nchar=898;
format datatype=dna interleave=no gap=-;
matrix
：
：
：
end;
貼上後變成：
#NEXUS
begin data;
dimensions ntax=12 nchar=898;
format datatype=dna interleave=no gap=-;
matrix
：
：
：
end;
begin mrbayes;
lset
nst=6
nucmodel=4by4
code=universal
rates=gamma
ngammacat=4;
[ Set the outgroup for the analysis ]
outgroup 1;
[ Set Markov chain Monte Carlo parameters ]
mcmcp
ngen=10000
nruns=1
swapfreq=1
printfreq=100
samplefreq=100
nchains=4
savebrlens=yes
ordertaxa=no
filename=results;
[ Go! ]
mcmc;
[ Summarise the results ]
sumt
filename=results
burnin=100
contype=allcompat
showtreeprobs=no;
end;
然後儲存檔案，再執行就可以，例如exe primates.nex，就可以直接把分析跑完，不必再打其他指令。而如果要改其中的參數，也不必回到這個網站改完再複製貼上，直接使用文字編輯器打開Nexus檔案改就好，例如把ngen=1000改成ngen=10000，就只要多打一個0就好了。
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