BAMBE（線上版Bayesian分析）

這是一個線上版的伺服器，可以直接在網頁上用Bayesian方法作分析，叫做BAMBE（Bayesian Analysis in Molecular Biology and Evolution）。首先請先Sign-in，或是set e-mail，再來是要把資料上傳，可以用貼上的方式，或是選擇檔案上傳。Paste就不介紹了，這邊介紹選擇檔案上傳的方式，請先點選File，然後按一下選擇檔案，就可以從電腦裡面選擇已經Align好的序列，我這邊用的是MrBayes的範例檔案primates.nex。

資料上傳後看起來就是這樣：

這時候Data Bookmarks就會有你的資料，而左邊的欄位則會變成這樣：

可以點一下Data Bookmarks的primates.nex，會在右邊顯示出你資料的訊息，像是這樣：

如果上傳的資料錯了，也可以在這裡按remove移除。看完後點一下Programs就可以回去BAMBE的畫面，然後繼續作其他設定。

首先是執行的一些參數（Run characteristics），seed以及其他設定一般都不必理會，主要看這兩個就好：Number of cycles to run the main algorithm (cycles)指的就是MrBayes的ngen，而Number of cycles to run the burn algorithm (burn)則是MrBayes的burnin。一開始ngen可以先設為1000或10000，正式分析請至少跑一百萬個generations。而burnin值則可以設為大約ngen的10-25%。

再來是model的一些設定（Model specification），要選擇哪一個可以先作Modeltest（可參考這篇），或是直接仿照MrBayes選擇Hayley (GREV)這個model（GREV也就是GTR），而其他的參數一般也都不必更改，如果要瞭解那些參數可以按一下紅色的?，會出現黃色文字框來解釋，或是直接看MrBayes教學的Setting the Priors部份。其中最後面幾個都是只限於GREV的model。

而Parameter updating一般也都不必更改。

在Output部份，Sample interval就是在MrBayes裡面的Samplefreq。而Input部份，Number of the outgroup就是用來設定outgroup是序列裡面的第幾個序列，如果上面Model specification的Use a molecular clock有打勾的話，那麼outgroup設定就會被忽略，這點要小心。然後可以上傳一棵起始的樹，或是BAMBE會自動產生一棵，而起始樹的產生方法也有random、UPGMA、NJ等，不過起始樹不影響結果，所以維持預設就好。

說到這邊可以發現其實大多數參數都不必更動，大概就是這幾個稍微留意一下：

1.  Number of cycles to run the main algorithm (cycles)：1000000

2. Number of cycles between printing trees to output (window-interval)：250000

3. Use a molecular clock (molecular-clock)如果有外群設定的話記得不要打勾

4. Likelihood model：Hayley (GREV)

5. Sample interval (sample-interval)：1000

6. Number of the outgroup (outgroup)：1

設定好之後，回到最上面，按RUN就會開始分析。分析好會出現這樣的結果：

每個結果都可以按save儲存下來，而如果要看樹，可以把bambe_results.tre儲存下來後，用看樹軟體打開，因為有很多顆樹，所以也可以用看樹軟體作consensus tree。例如用Mega軟體打開：

可以在上面選要看第幾棵樹，或是compute-->Consensus tree。