Modeltest and more...

之前有介紹過FindModel，不過Findmodel有時候會有點問題，加上Modeltest作者現在推薦用jMODELTEST，是Java版的程式，所以好處就是跨平台，無論Mac或Win都可以用。到網站註冊一下就可以下載了，我用普通Align好的FASTA格式序列就可以跑。

先Analysis跑Compute likelihood score，請等一段時間讓它跑完，然後再用Do AIC Calculations就可以了，跟Findmodel一樣，挑AIC最小的，或是程式也會直接跟你說是哪一個：
Model selected:
   Model = GTR+I+G
   partition = 012345
   -lnL = 12513.8483
   K = 124
   freqA = 0.3419
   freqC = 0.2548
   freqG = 0.0712
   freqT = 0.3321
   R(a) [AC] =  0.4105
   R(b) [AG] =  12.0679
   R(c) [AT] =  0.4444
   R(d) [CG] =  0.4124
   R(e) [CT] =  9.0046
   R(f) [GT] =  1.0000
   p-inv = 0.4850
   gamma shape = 0.4580

或者選result的show result table也可以看到：

紅色的就是符合你序列的Model。有沒有看到編號88？沒錯，這個程式總共內建88種model，比Findmodel的28種還多，不過其實多也沒用，如果挑到的Model你的分析軟體沒有那也是白搭....所以如果真的挑到一個你分析軟體沒有的怎麼辦？就看表裡面AIC的值吧！由低到高去排列，然後選一個你的軟體有，值也最低的model。像是MEGA或是DAMBE就不可能有88個model這麼多。