ModelTest & FindModel

一般為了讓類緣關係的分析更好，會去找出要分析的序列鹼基置換是哪一種Model，以前大多使用PAUP*這個軟體作分析，所以可以很方便就直接在PAUP*加上外掛，就可以作ModelTest，不過大多數的PAUP*都是MAC版的，PC版少見又不好用，而且從1994以後已經15年這個軟體都沒有什麼更新，對於這個程式的運算也開始有一些批評出來，所以如果用PC，又不想花大錢買PAUP，要怎麼辦呢？其實ModelTest網站上就已經有推薦了一些替代方案，其中我覺得對多數人來說最方便的大概就是FindModel這個網站了。

這個server接受的是很常見的FASTA序列格式，在Input那邊有一個Sample Input，可以按下去先玩玩看。然後在Option這邊作設定，Use all 28 models這個就打勾吧！（Full set是28個Model，Reduced set是12個最常見的Model）至於initial tree其實選哪一個沒有太大差異，Weighbor是用Jukes-Cantor distances，速度最快，而如果接下來要用MrBayes作分析可以就選MrBayes。而如果想把結果E-mail給自己，就勾選，然後Submit後會有另一個頁面讓你填寫E-mail。

上圖就是Sample Input的結果，紅字的部份就是經過統計之後找到了TVM這個Model是最好的Model，所以將來分析的時候就設定為這個Model吧！而上面有全部Model的數值，AIC(Akaike's information criterion)是一種統計學上的模型檢測方法，數值是越小越好，所以TVM的AIC只有3410.856458，是最小的。而LnL是Log Likelihood值，則是越大越好（請注意負值的大是數字比較小）。如果對最佳Model不瞭解，可以在表格中點選那個Model，就會產生下面這個表，應該就知道這個Model的意義。

如果找到了最好的Model，但是分析軟體沒有這個Model怎麼辦？其實可以在上面的表裡面把分析軟體有的Model都找出來，然後自己去看那些能夠選用的Model的AIC值或LnL值，就可以選一個最適合的Model去作分析。不過如果分析軟體可以選用的Model不多，其實可以一開始就只用Reduced set就好了。