魚類生命條碼使用的Primer

魚類生命條碼主要使用的Primers來自於下面這一篇文獻：DNA barcoding Australia’s fish species (2005) 【PDF】，長度皆為26，序列分別是：
FishF1-5' TCAACCAACCACAAAGACATTGGCAC
FishF2-5' TCGACTAATCATAAAGATATCGGCAC
FishR1-5' TAGACTTCTGGGTGGCCAAAGAATCA
FishR2-5' ACTTCAGGGTGACCGAAGAATCAGAA


而F primer序列在COI大約在25-50的位置。
MOUSE TCAACCAATCACAAAGATATCGGAACCCTATATCTA 60
F1... TCAACCAACCACAAAGACATTGGCAC---------- 26
F2... TCGACTAATCATAAAGATATCGGCAC---------- 26
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R primer則是在COI大約706/709的位置。
MOUSE TGATTCTTTGGGCACCCAGAAGTTTATATTCTTAT 740
R1... TAGACTTCTGGGTGGCCAAAGAATCA--------- 26
R2... ---ACTTCAGGGTGACCGAAGAATCAGAA------ 26
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而有些樣本可能保存狀況不佳，或是PCR無法成功，因此近來有人提倡使用更小片段的DNA序列（約130 bp）作為DNA Barcode，稱之為mini-barcode，主要的文獻為A universal DNA mini-barcode for biodiversity analysis (2008)【PDF】。

Uni-MinibarF1: 5'-TCCACTAATCACAARGATATTGGTAC-3'
Uni-MinibarR1: 5'-GAAAATCATAATGAAGGCATGAGC-3'

F primer序列在COI大約在25-50的位置。
F1.... TCAACCAACCACAAAGACATTGGCAC---------- 26
MINIF1 TCCACTAATCACAARGATATTGGTAC---------- 26
MOUSE. TCAACCAATCACAAAGATATCGGAACCCTATATCTA 60
.......** ** ** ***** ** ** ** **

R primer則是在COI大約340的位置。
MINIR1 GAAAATCA-TAATGAAGGCATGAGC----- 24
MOUSE. CATCATCAATAGTAGAAGCAGGAGCAGGAA 370
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PS:mini-barcode的primer雖然PCR產物是大約250 bp，不過有些樣本連這樣的長度可能都很難做出來，而長度太長很難作，長度太短資訊又不夠用來鑑定物種，所以在衡量過後，mini-barcode主要是以大約130 bp的長度當作DNA barcode，詳情就請看文章吧。