2010年4月23日 星期五

NCBI序列搜尋與下載

  • 想下載某一篇文獻所使用的全部序列,則在NCBI將該篇文獻的Title複製貼上在搜尋列按搜尋即可。例如這一篇Ward, R. D., Zemlak, T. S., Innes, B. H., Last, P. R. & Hebert, P. D. N. (2005). Barcoding Australia’s fish species. Philosophical Transactions of the Royal Society of London B 360, 1847–1857。可以看到Nucleotide有754筆資料。
  • 想下載某一個類群的某一段基因全部序列,則在NCBI貼上類群名稱和序列名稱,例如「Cyprinidae 16S」可以找到鯉科的16S這段基因的序列。
  • 如果想找某一個類群的粒線體Genome,則在NCBI貼上類群名稱和complete genome,例如「Cyprinidae complete genome」可以找到鯉科的目前已上傳mitochondrion complete genome的序列。
  • 找到之後,假設有100條序列要下載,則請將要下載的序列勾選以後,在Display選FASTA,Show選100,然後Send to選Text,就是FASTA格式的文字檔,複製貼上記事本存檔或貼到Mega等軟體就可以直接使用。

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