2011年 12月 20日 華爾街日報
兩年前﹐波士頓的一組研究人員發表了一篇論文﹐描述他們是如何通過一種叫STK33的靶點蛋白來消滅癌症腫瘤的。總部位於加州紹曾德奧克斯(Thousand Oaks)的生物技術公司Amgen Inc.的科學家迅速跟進﹐安排了二十多名研究人員嘗試重復這個實驗﹐期望能研發出一種相關藥物。
而事實證明他們既浪費了時間﹐也浪費了金錢。經過六個月深入細緻的實驗室研究後﹐Amgen發現無法重復試驗結果﹐於是放棄了該項目。
Amgen研究副總裁格倫•比格利(Glenn Begley)說﹐“我感到失望﹐但並不意外。我們常常無法重復學術期刊上發表的研究成果。”
這是醫藥領域一個不可告人的秘密：多數研究結果都是無法重復的﹐包括那些在頂級同行評審期刊上發表的研究結果。
《科學》雜志(Science)的編輯布魯斯•阿爾貝茨(Bruce Alberts)說﹐“這是個非常嚴重、令人不安的問題﹐因為這明顯會對（完全信任知名同行評審期刊所發論文）的人形成誤導。”12月2日發行的《科學》用了較大篇幅探討了科學的可重復性問題。
可重復性是一切現代科學研究的基石﹐是評價科學命題正確與否的標準。僅在美國一個國家﹐生物醫學研究一年的投入就達1,000億美元。所以﹐如果公開發表的醫學發現不能被其他人驗證﹐會產生嚴重的後果。
製藥企業對早期學術研究有很大依賴﹐如果在後續的研究中發現原始結果不可靠﹐它們就有可能損失數百萬美元。若根據自相矛盾的數據讓患者參加臨床試驗﹐有時會沒有療效或者產生有害的副作用。
還有一個更陰暗、更普遍的問題：對成功結果的偏好。
和製藥公司不同的是﹐學術界極少採用“盲法”試驗（conduct experiments in a 'blinded' manner）。這樣研究者就更容易挑選能證明實驗成功的數據。為追求職位和資金﹐越來越多的科學家需要名下有更多成功而不是失敗的試驗﹐在經濟不景氣的時期尤其如此。科學和學術期刊的激增更是加劇了這種壓力。
阿爾貝茨博士說﹐試驗結果之所以無法復製﹐在很大程度上可能要歸咎於試驗複雜性的增加。他說﹐“原因在於生物學的複雜性﹐而且（實驗室使用的）方法日益繁瑣。”
很難判斷近年來可重復性問題是不是變得更加嚴重了﹐但有一些跡象顯示的確如此。比方說﹐學術期刊《自然綜述》(Nature Reviews)今年5月份發表的一項全球性分析顯示﹐衡量藥品療效的二期臨床試驗成功率在2008-2010年期間降至18%﹐而2006-2007年期間成功率為28%。
拜耳公司(Bayer AG)研究業務主管胡斯魯•阿薩杜拉(Khusru Asadullah)說﹐“可重復性欠缺是二期試驗成功率下降的一個因素。”
拜耳9月份發表了一篇論文﹐描述該公司如何因內部試驗無法重現文獻結論而中止了近三分之二的早期藥物目標項目。
這家德國製藥公司表示﹐其試圖驗證的結論並非出自被撤回或疑似存在問題的論文。但拜耳稱﹐就連知名度最高的期刊上刊登的論文也有一些數據無法證實。
2008年﹐輝瑞公司(Pfizer Inc.)啟動了一個潛在投資超過7.25億美元的大項目﹐以期將一種有25年曆史的俄羅斯感冒藥變成有效的老年痴呆症(Alzheimer's disease)治療藥。
這是個很有前途的構想。來自貝勒醫學院(Baylor College of Medicine)及其他機構的研究人員在《柳葉刀》(Lancet)上發表的論文數據顯示﹐一種名為Dimebon的抗組胺藥能夠改善老年痴呆症患者的症狀。
加州大學洛杉磯分校(University of California Los Angeles)的研究人員晚些時候在芝加哥一次會議上發佈的研究也顯示﹐這種藥有可能使老年痴呆症病程的惡化減緩多達18個月。
讚助這兩項研究的舊金山生物技術公司Medivation Inc.首席執行長戴維•亨(David Hung)說﹐“從數據上看﹐這兩項研究很有說服力。”
2010年﹐Medivation與輝瑞聯合發佈了他們自己針對Dimebon的臨床試驗結果﹐他們對近600名有輕度至中度老年痴呆症症狀的患者進行了研究。兩家公司稱﹐他們無法重現《柳葉刀》上的結果。他們還表示﹐未發現使用該藥的患者與使用安慰劑的對照組之間存在顯著統計差別。
輝瑞和Medivation剛剛完成針對逾1,000名患者為期一年的研究﹐這是他們為檢驗Dimebon是否有希望成為老年痴呆症治療藥而做出的另一項努力。他們預計將在未來數月宣佈結果。
科學家們提出幾項理論來解釋重現試驗結果為何如此之難。兩個不同的實驗室使用的設備或材料可能略有不同﹐導致結果出現差異。試驗中的變量越多﹐意外發生小錯誤的可能性就越大﹐這些小錯誤會累積起來﹐對試驗結論構成某種影響。當然﹐美化、捏造或篡改數據也會導致數據經不起未來的檢驗。
根據英國皇家學會(Royal Society)發佈的報告﹐2007年全球所有科學研究領域──包括學術界和企業界在內──共有710萬名研究人員﹐較五年前增加了25%。
阿薩杜拉博士和來自拜耳的其他研究者在9月份發表的論文中寫道﹐“有一些更加明顯但還無法量化的原因﹐比如實驗室之間的激烈競爭以及論文發表壓力加劇。此外還存在發表成功結果的傾向﹐這樣的結果更容易被好的期刊接受。”
科學出版物也面臨壓力。科技信息提供商愛思唯爾(Elsevier)對數據的分析顯示﹐學術期刊數量在2001年至2010年期間攀升了23%。期刊數量的激增使競爭壓力加劇﹐就連高端期刊也面臨壓力﹐這會導致它們一窩蜂地刊登吸引眼球的論文（一般包含的都是實驗成功的結果）﹐以滿足對信息時效性的需求。
《科學》雜志的阿爾貝茨博士承認﹐學術期刊越來越需要在刊登“引起廣泛關注的”論文和確保真實可靠這兩者之間取得平衡。
製藥企業也存在公佈成功實驗結果的傾向。加州大學舊金山分校(University of California San Francisco)的研究人員考察了2001年至2002年期間向美國食品和藥品管理局(U.S. Food and Drug Administration, 簡稱FDA)提交的33項新藥申請相關數據。FDA要求製藥公司提供所有臨床試驗數據。但研究人員發現﹐有四分之一的試驗數據──多為不理想的數據──從來沒有發表過﹐因為這些公司從未把它們投給學術期刊。該研究論文於2008年在《公共科學圖書館•醫學》雜志(PLoS Medicine) 上發表。
結果導致：醫生須將FDA批准的藥品寫進處方﹐但他們常常看不到這些不理想的數據。
該論文共同作者、來自加州大學舊金山分校的麗莎•貝羅(Lisa Bero)說﹐“我認為發表經過挑選的數據是違背學術倫理的﹐因為其中涉及的研究對象是人。”
FDA發言人在一份電子郵件聲明中稱﹐FDA審批藥品時會考察公司向其提供的所有數據﹐但“一家公司選擇發表哪些數據FDA無權干涉。”
風險資本投資公司也表示﹐他們碰到越來越多研究結果無法重現的案例﹐這是他們投資早期研究項目意願減弱的一個主要原因。為生物技術公司提供融資的風險資本投資公司Atlas Ventures稱﹐現在公司在投資超早期研究項目之前﹐會先讓一家外部實驗室來驗證試驗數據。Atlas旗下生命科學部門合伙人布魯斯•布斯(Bruce Booth)說﹐大約有一半的案例中﹐研究結果都無法重現。
近幾個月發生了幾起涉及研究結果無法重復的突出案例。比方說﹐《科學》雜志在9月份部分撤回了2009年一篇探討一種病毒與慢性疲勞綜合症關係的論文﹐因為幾個實驗室無法重現該論文的結果。在此之前﹐該論文13名作者中有兩名重新檢查了他們分析過的慢性疲勞綜合症患者血樣﹐發現它們受到了污染。
一些研究無法重復是由更普通的原因導致的：作者不願向同行公佈所有原始數據。
斯坦福大學(Stanford University) 研究醫學研究可靠性的流行病學家約翰•約阿尼迪斯(John Ioannidis)近期試圖重復知名期刊《自然-遺傳學》(Nature Genetics)所刊登的18篇論文的研究結果。他指出﹐其中有16篇論文稱﹐研究依據的“基因表達”數據是公諸於眾的。
但論文提供的數據顯然不夠詳細﹐這18篇論文中﹐有16篇的結果約阿尼迪斯博士和他的同事無法完全復現。他說﹐“我們不得不（無條件地）相信這些結果是正確的。”
《自然》雜志的編輯維羅妮克•基爾莫(Veronique Kiermer)說﹐她讚同約阿尼迪斯博士的結論﹐她指出﹐相關發現使《自然》雜志在發表大型基因學研究時變得更加謹慎。
當嘗試開發新藥的公司遇到研究結果無法重復的問題時﹐可能會產生顯著的影響。
幾年前﹐幾組科學家開始把目標投向一種叫KRAS的蛋白﹐以尋找新的抗癌藥物。KRAS蛋白將細胞外部獲得的信號傳導至細胞內部﹐因此對控制細胞生長有重要作用。但在發生某種突變時﹐信號會持續傳遞﹐導致細胞過度增殖﹐產生腫瘤。
研究者認為﹐超過60%的胰腺癌和半數的結腸直腸癌是由KRAS突變引起的。肺部等許多其他器官腫瘤的生長也與該蛋白的突變有關。
所以科學家們非常希望能阻斷KRAS﹐讓它不再持續傳導信號導致腫瘤生長。
2008年﹐哈佛醫學院(Harvard Medical School)研究人員進行的細胞培養試驗顯示出﹐通過抑制另一種名為STK33的蛋白﹐能阻止KRAS功能失常導致的腫瘤細胞系生長。
這一發現引起了Amgen研究人員的興趣﹐他們最早是在一次學術會議上聽說相關試驗的。Amgen的比格利博士回憶道﹐“人人都躍躍欲試﹐這真的是一件大事。”Amgen有近一半的收入來自抗癌藥和相關藥物。
當哈佛醫學院的研究人員2009年5月份在著名期刊《細胞》(Cell)上發表他們的研究成果之後﹐Amgen迅速採取措施﹐想利用這些成果研發新藥。
在Amgen駐加州紹曾德奧克斯的辦公室召開的一次會議上﹐比格利博士為一組研究人員佈置了一項任務﹐讓他們找出可能抑制STK33的小分子。另一個研究小組領受了一項更基礎的任務：重現哈佛的數據。
比格利博士說﹐如果這種方式可行﹐“接下來就是上億美元的下游投資﹐所以必須確保有確鑿可靠的依據。”
但在之後的幾個月裡﹐比格利博士和他的小組漸漸心灰意冷。Amgen的科學家們最終無法復現《細胞》雜志所刊登論文的關鍵結果。
比方說﹐STK33蛋白大多被阻止的試驗對象細胞生長情況與STK33未被抑制的試驗對象並無區別。
研究結果無法復現是什麼原因造成的呢？
《細胞》雜志原論文主要作者之一、德國烏爾姆大學附設醫院(University Hospital of Ulm)的癌症研究者克勞迪亞•紹爾(Claudia Scholl)說﹐“我們認為這是方法問題﹐” Amgen採用的實驗方法可能導致了研究結果的差異。
紹爾博士舉例說﹐Amgen用來抑制STK33的試劑與《細胞》雜志所刊論文不同。不過她承認﹐即便是使用略有不同的試劑﹐“也應該能重復得出實驗結果。”
紹爾博士說﹐她的研究小組已經多次重復《細胞》雜志原論文的結果﹐她仍然堅信STK33是癌症靶向蛋白。
但Amgen取消了STK33項目。該公司二十多名科學家9月份在學術期刊《癌症研究》(Cancer Research)上發表了一篇論文﹐描述他們重復《細胞》雜志原論文主要結果的努力是如何失敗的。
比格利博士建議學術界應該像製藥公司一樣進行更多“盲法”試驗﹐以減少對成功結果的偏好。他說﹐“否則人們總是希望儘量得出老板想讓你得出的結論。”
Atlas的布斯補充說﹐“要想升職﹐發表結果為實驗失敗的論文是不行的。”
Gautam Naik
2011年12月26日 星期一
2011年11月24日 星期四
南極海底「死亡冰柱」 所到之處急凍任何生命！
林奐成
2011年11月24日 23:08
BBC攝影師日前在南極洲捕捉到「死亡冰柱」往下伸張、冷凍所有海底生物的過程。（圖／翻拍自網路）
國際中心／綜合報導
《英國廣播公司》（BBC）攝影師日前在南極海底捕捉到「死亡冰柱」（icicle of death）往下伸張、冷凍海底生物的過程，影片呈現大自然的威力與絕美，震撼人心。
這段BBC《冰凍星球》（Frozen Planet）節目的影片顯示，從海面延伸下來的冰柱釋放出低溫、高濃度的鹽水，隨著鹽水向下沉落，周遭的液態水逐漸凝結成綿狀冰。最後，「死亡冰柱」延伸到海床，隨即冷凍了海星和海膽。
此過程中，冰柱宛如一位魔法師將細長手指伸向海底，觸碰並毀滅了所有生命，將它們永遠冰封在當下時光。《每日郵報》指出，自1960年代發現此名為「brinicle」的自然現象以來，這是人類首度用攝影機將之完整紀錄。
BBC攝影師米勒（Hugh Miller）和安德森（Doug Anderson）花費近6小時，利用「縮時攝影法」（timelapse）在南極的小拉卓貝克島（Little Razorback Island）附近海域拍下驚人影片。
2011年11月24日 23:08
BBC攝影師日前在南極洲捕捉到「死亡冰柱」往下伸張、冷凍所有海底生物的過程。（圖／翻拍自網路）
國際中心／綜合報導
《英國廣播公司》（BBC）攝影師日前在南極海底捕捉到「死亡冰柱」（icicle of death）往下伸張、冷凍海底生物的過程，影片呈現大自然的威力與絕美，震撼人心。
這段BBC《冰凍星球》（Frozen Planet）節目的影片顯示，從海面延伸下來的冰柱釋放出低溫、高濃度的鹽水，隨著鹽水向下沉落，周遭的液態水逐漸凝結成綿狀冰。最後，「死亡冰柱」延伸到海床，隨即冷凍了海星和海膽。
此過程中，冰柱宛如一位魔法師將細長手指伸向海底，觸碰並毀滅了所有生命，將它們永遠冰封在當下時光。《每日郵報》指出，自1960年代發現此名為「brinicle」的自然現象以來，這是人類首度用攝影機將之完整紀錄。
BBC攝影師米勒（Hugh Miller）和安德森（Doug Anderson）花費近6小時，利用「縮時攝影法」（timelapse）在南極的小拉卓貝克島（Little Razorback Island）附近海域拍下驚人影片。
'Brinicle' ice finger of death filmed in Antarctic
2011年9月20日 星期二
2011年8月15日 星期一
海洋微生物新發現或將改寫生物界“演化樹”
2011年03月27日 07:39:37 來源： 新京報
在過去的近300年中，生物分類法從兩界、三界一直被擴充到六界三域，分類係統不斷被改寫。然而，演化樹的改寫可能還會繼續下去。美國加州大學基因中心和文特爾研究所對海洋水樣本中的DNA序列分析的合作研究發現，地球上可能存在著三個域之外的生物。
外環境入手測DNA序列
這個發現十分驚人，其可能改寫從上世紀90年代以來延續的主流生物分類學法。研究是加州大學戴維斯分校基因中心的艾森（Jonathan Eisen）領頭所做。他與同事們提取了一部分海洋水樣本中的DNA進行分析，發現這些樣本基因序列十分不同尋常，和人們平時所知的細胞生物似乎關係非常疏遠，完全像是來自另外一個全新的生物域。
基因分析是目前用來進行生物分類和判斷的好工具。我們星球上大部分的物種並非日常所見的動植物，而是看上去像是一個個單一細胞的低等生物體，如果要判斷它們在演化樹上處于什麼位置，生物學家們需要在實驗室裏培養它們，等有了足夠的DNA後再進行基因分析。但艾森表示，這裏的問題是，這些物種的絕大部分，差不多佔所有物種的99%，都沒法在實驗室裏被培育。“它們就像是生物宇宙裏的暗物質。”他打了一個比方。
為了探尋生物的“暗物質”，艾森展開了和世界上最出名的私人基因研究所———文特爾研究所的合作。“壞小子”文特爾因支持基因譜私有化和“人造生命”等立場而成為世界上最受爭議的科學家之一，但是他擁有的私人研究所的確是當前最強大的基因研究機構之一。對于這項探究“暗生物”的挑戰，他和他的同事們採用了一種現在很前沿的研究方法，叫做“宏基因組學”（微生物環境基因組學）進行研究，傳統的微生物基因序列分析需要在實驗室裏培養微生物，但用宏基因組學，可以直接從環境樣品中提取全部微生物的DNA，那就可以避開有的微生物很難在實驗室裏培養的難題。艾森表示，加上這種方法，無論是環境中採集的還是實驗室裏培養的，現在沒有DNA序列是測不出來的。
假設可能只是“錯覺”
在此次研究中，艾森和文特爾提取了“全球海洋取樣考察”（Global Ocean Sampling Expedition）中採集的海水樣品，通過宏基因組學分析，發現其中有一些基因序列和此前所知的徹底不一樣，無論如何也放不進現有的演化樹中。
“問題是，它們是哪兒來的？”艾森說。目前還沒有一個科學家能夠解答得了，這些基因不知道到底是屬于什麼生物。不過，艾森表示，現在出現了兩種假設，一種是這些基因序列來自一些很與眾不同的病毒，而另一種假設則更為令人驚訝，這些神秘的基因序列或許代表著生命樹上一個完全嶄新未知的分支。
這個假設是十分大膽的，生物學界一些人表示激動，但也有一些人認為現在就談生命的“第四維度”為時過早。如加拿大渥太華麥克馬斯特大學的生物學家古普塔（Radhey Gupta）說，盡管這個發現很有意義，但還是得小心下結論才行，因為可能有更多的解釋，比如，這些基因序列可能來自一些生活在獨特的環境中的細胞生物，有的環境可能導致生物的基因發生迅速的演變，這就有可能給做基因分析的科學家帶來錯覺，以為這是在很早很早以前就和其他生物分家了的“新”的生命形式。
“現在生物是否分成三個域，或者這三個域之間的生物是怎麼相互聯係的，這些都還有著很大的分歧。”古普塔說，“如果再加上對第四個域的討論，只會讓人們更加困惑。”
不過，法國巴黎第六大學科學家巴普苔絲特（Eric Bapteste）的回應則更積極一點：“事實就是基因是非常多樣的，而且毫無疑問其中的大部分我們都是未知的，要設想還有一個全新的生物域在那兒這也是合情合理的。”
演化樹面臨再次重寫
研究接下來的一個工作就是要更進一步地確定這些序列的來源，將尋找這些基因到底是突然變異的還是從另一個奇怪的“維度”來的。對這些樣本的進一步分析，還可以確定這些神秘的基因序列到底屬于什麼生物體。
假設艾森等人的進一步工作發現，這些基因序列的確是來自一個全新的生物域，那生物演化樹將再次被推翻重寫。
艾森介紹說，到上世紀90年代之前，演化樹上只有兩個分支：一個是真核生物，包括動物、植物、真菌和一些奇怪的生物形式，比如黏液菌；而沒有被列入真核生物的，則被稱為“其他所有一切生物”。隨著基因分析技術的進步，上世紀90年代後，科學家發現，所謂的“其他所有一切生物”並不能籠統地歸在一起，它事實上有兩個完全不同的域：細菌和古菌。
即使這樣，生物學家對演化樹如何來畫依舊是分歧多多，還有不少存在爭議的生物，比如擬菌病毒，這是目前所知的最大的病毒之一，有人就認為其應該單獨代表一個新的域，它裏面帶有很多在細胞生物中才有的基因，所以不應該看成是病毒。“如果你把這些擬菌病毒看成是第四個分支，那我們的序列或許代表著第五個分支，只不過現在我們都還不知道而已。”艾森說。
沃斯創建“三域說”
美國微生物學家沃斯（Carl Woese）採用分子生物學的方法做基因關係比較。1977年，他將rRNA分子片段做出基因序列分析（這種方法後來被普遍採納），然後重新繪制了演化樹，將我們日常所熟知的千姿百態的細胞生物形式如動物、植物、真菌等都歸于演化樹上同一個分支———真核生物。
此外，在沃斯之前，人們普遍把動植物和真菌等之外的其他生物都全部歸于原核生物，相對于真核生物，原核生物一般沒有細胞內膜，沒有細胞核膜，但依然有遺傳物質，而真核生物不管是單細胞還是多細胞，細胞內都含有細胞核。
上世紀90年代的時候，他正式提出了三域說，生物分類法中最高的類別不再是“界”，而是“域”，三個域分別是細菌域、古菌域和真核域。盡管還存在很多分歧，但三域係統是目前生物界被大多數人認可的主流分類係統。
編譯/本報記者 金煜
在過去的近300年中，生物分類法從兩界、三界一直被擴充到六界三域，分類係統不斷被改寫。然而，演化樹的改寫可能還會繼續下去。美國加州大學基因中心和文特爾研究所對海洋水樣本中的DNA序列分析的合作研究發現，地球上可能存在著三個域之外的生物。
外環境入手測DNA序列
這個發現十分驚人，其可能改寫從上世紀90年代以來延續的主流生物分類學法。研究是加州大學戴維斯分校基因中心的艾森（Jonathan Eisen）領頭所做。他與同事們提取了一部分海洋水樣本中的DNA進行分析，發現這些樣本基因序列十分不同尋常，和人們平時所知的細胞生物似乎關係非常疏遠，完全像是來自另外一個全新的生物域。
基因分析是目前用來進行生物分類和判斷的好工具。我們星球上大部分的物種並非日常所見的動植物，而是看上去像是一個個單一細胞的低等生物體，如果要判斷它們在演化樹上處于什麼位置，生物學家們需要在實驗室裏培養它們，等有了足夠的DNA後再進行基因分析。但艾森表示，這裏的問題是，這些物種的絕大部分，差不多佔所有物種的99%，都沒法在實驗室裏被培育。“它們就像是生物宇宙裏的暗物質。”他打了一個比方。
為了探尋生物的“暗物質”，艾森展開了和世界上最出名的私人基因研究所———文特爾研究所的合作。“壞小子”文特爾因支持基因譜私有化和“人造生命”等立場而成為世界上最受爭議的科學家之一，但是他擁有的私人研究所的確是當前最強大的基因研究機構之一。對于這項探究“暗生物”的挑戰，他和他的同事們採用了一種現在很前沿的研究方法，叫做“宏基因組學”（微生物環境基因組學）進行研究，傳統的微生物基因序列分析需要在實驗室裏培養微生物，但用宏基因組學，可以直接從環境樣品中提取全部微生物的DNA，那就可以避開有的微生物很難在實驗室裏培養的難題。艾森表示，加上這種方法，無論是環境中採集的還是實驗室裏培養的，現在沒有DNA序列是測不出來的。
假設可能只是“錯覺”
在此次研究中，艾森和文特爾提取了“全球海洋取樣考察”（Global Ocean Sampling Expedition）中採集的海水樣品，通過宏基因組學分析，發現其中有一些基因序列和此前所知的徹底不一樣，無論如何也放不進現有的演化樹中。
“問題是，它們是哪兒來的？”艾森說。目前還沒有一個科學家能夠解答得了，這些基因不知道到底是屬于什麼生物。不過，艾森表示，現在出現了兩種假設，一種是這些基因序列來自一些很與眾不同的病毒，而另一種假設則更為令人驚訝，這些神秘的基因序列或許代表著生命樹上一個完全嶄新未知的分支。
這個假設是十分大膽的，生物學界一些人表示激動，但也有一些人認為現在就談生命的“第四維度”為時過早。如加拿大渥太華麥克馬斯特大學的生物學家古普塔（Radhey Gupta）說，盡管這個發現很有意義，但還是得小心下結論才行，因為可能有更多的解釋，比如，這些基因序列可能來自一些生活在獨特的環境中的細胞生物，有的環境可能導致生物的基因發生迅速的演變，這就有可能給做基因分析的科學家帶來錯覺，以為這是在很早很早以前就和其他生物分家了的“新”的生命形式。
“現在生物是否分成三個域，或者這三個域之間的生物是怎麼相互聯係的，這些都還有著很大的分歧。”古普塔說，“如果再加上對第四個域的討論，只會讓人們更加困惑。”
不過，法國巴黎第六大學科學家巴普苔絲特（Eric Bapteste）的回應則更積極一點：“事實就是基因是非常多樣的，而且毫無疑問其中的大部分我們都是未知的，要設想還有一個全新的生物域在那兒這也是合情合理的。”
演化樹面臨再次重寫
研究接下來的一個工作就是要更進一步地確定這些序列的來源，將尋找這些基因到底是突然變異的還是從另一個奇怪的“維度”來的。對這些樣本的進一步分析，還可以確定這些神秘的基因序列到底屬于什麼生物體。
假設艾森等人的進一步工作發現，這些基因序列的確是來自一個全新的生物域，那生物演化樹將再次被推翻重寫。
艾森介紹說，到上世紀90年代之前，演化樹上只有兩個分支：一個是真核生物，包括動物、植物、真菌和一些奇怪的生物形式，比如黏液菌；而沒有被列入真核生物的，則被稱為“其他所有一切生物”。隨著基因分析技術的進步，上世紀90年代後，科學家發現，所謂的“其他所有一切生物”並不能籠統地歸在一起，它事實上有兩個完全不同的域：細菌和古菌。
即使這樣，生物學家對演化樹如何來畫依舊是分歧多多，還有不少存在爭議的生物，比如擬菌病毒，這是目前所知的最大的病毒之一，有人就認為其應該單獨代表一個新的域，它裏面帶有很多在細胞生物中才有的基因，所以不應該看成是病毒。“如果你把這些擬菌病毒看成是第四個分支，那我們的序列或許代表著第五個分支，只不過現在我們都還不知道而已。”艾森說。
沃斯創建“三域說”
美國微生物學家沃斯（Carl Woese）採用分子生物學的方法做基因關係比較。1977年，他將rRNA分子片段做出基因序列分析（這種方法後來被普遍採納），然後重新繪制了演化樹，將我們日常所熟知的千姿百態的細胞生物形式如動物、植物、真菌等都歸于演化樹上同一個分支———真核生物。
此外，在沃斯之前，人們普遍把動植物和真菌等之外的其他生物都全部歸于原核生物，相對于真核生物，原核生物一般沒有細胞內膜，沒有細胞核膜，但依然有遺傳物質，而真核生物不管是單細胞還是多細胞，細胞內都含有細胞核。
上世紀90年代的時候，他正式提出了三域說，生物分類法中最高的類別不再是“界”，而是“域”，三個域分別是細菌域、古菌域和真核域。盡管還存在很多分歧，但三域係統是目前生物界被大多數人認可的主流分類係統。
編譯/本報記者 金煜
2010年8月6日 星期五
海底總動員 蟹蝦橫行
2010-8-4 自由時報
〔國際新聞中心／綜合報導〕滿口尖牙、一臉凶惡的龍魚，只不過是海洋生物普查新發現的眾多物種之一。2日公佈的最新海洋生物普查指出，澳洲和日本海域號稱擁有全球最多樣的海洋生物，但浩瀚的海洋中，生物多樣得令人驚歎，估計至少仍有60%物種尚待發掘；而有別於一般人對海洋的刻板印象，海中最多的不是魚類，而是螃蟹、龍蝦這些甲殼類生物。
澳日海域 生物最多樣
這項耗資6億5000萬美元的海洋生物普查，在10年間觀察了25個主要海域，目前尚待印尼、菲律賓、馬達加斯加與阿拉伯海等地的資料傳回，即可彙整成更完整的資料，並於10月公佈更大型的結果。不過科學家表示，儘管經過10年研究，科學家對海洋也僅多了些約略的了解，以海洋如此無邊無際的情況看來，10月的報告也不可能一窺海洋全貌。
2日公佈的普查結果顯示，10年來發現超過1200種新海洋生物，但是海洋中至少還有60%到80%的生物是人類所不知的。每個海域平均有1萬0750個已知、已命名的物種，澳洲和日本海域海洋生物種類最多，各擁有約3萬3000種已知生物；而除了澳洲與日本之外，海洋生物最多樣的前5名還包括中國外海（2萬2365種）、地中海（1萬6848種）與墨西哥灣（1萬5374種）。
普查也發現，有別於一般人想到海洋就想到魚與鯨魚的既定觀念，海洋中的最大族群其實是甲殼類，約佔19%，魚類僅佔12%，鯨魚更只佔2%。
相對來說較為孤立的海域，如澳洲、紐西蘭、南極與南非，特有物種最多；反觀地中海地區，卻有高達600種外來物種，佔全部物種的4%。地中海海域也是人類活動威脅海洋生態最明顯的兩大地區之一，過度捕魚與污染情況相當嚴重；另一個受威脅海域則是4月間因英國石油油井漏油遭遇生態浩劫的墨西哥灣。
這份由80多國、近400位科學家彙整的資料，旨在盡可能正確地評估海洋的多樣、豐富與生態分布。領導研究的奧克蘭大學寇斯特羅博士表示，迫切需要這份清單的原因有二：第一，分類學專業能力下滑，影響到發現與描繪新物種的能力；第二，海洋生物就像陸地物種一樣，因人類活動數量大幅減少、甚至走向滅絕。
普查結果刊載在「公共科學圖書館期刊」（PLoS ONE）。
海洋生物 甲殼、貝類物種最豐富
2010-08-04 中國時報 【尹德瀚／綜合三日外電報導】
一般人認為海洋中最豐富的生物就是魚類，但根據國際「海洋生物普查計畫」（Census of Marine Life， CoML）二日發布的《海洋生命報告》（What Lives in the Sea），海洋中最豐富的生物其實是螃蟹和龍蝦等甲殼類；而澳洲和日本周遭海域的海洋生物則是最多樣化。
「海洋生物普查計畫」始於二○○○年，全球共有三百六十位科學家參與，十年來耗資六億五千萬美元，在北極與南極之間的廿五個水域調查海洋生物的多樣性、分布和豐富程度，並將結果發布於免費開放的「公共科學圖書館」（Public Library of Science）「PLoS ONE」網站。
這項調查在各個海域平均發現一萬七百五十個物種（species），其中以日本和澳洲海域的物種特別豐富，各有近三萬三千種，另外中國海域、地中海和墨西哥灣的海洋生物也很多樣，分別位居三至五名。
據調查，物種最豐富的甲殼類占海洋生物約二○％，其次是烏賊、章魚和蛤蜊等貝類，約占一七％，魚類則排名第三，約占一二％；至於海藻和原蟲（protozoa）等單細胞微生物約占一○％。而以分布狀態而言，海藻、原蟲和海洋哺乳動物分布最普遍。
接下來，「海洋生物普查計畫」還將調查菲律賓、馬達加斯加島和阿拉伯海等海域。科學家認為普查仍不完整，海洋實在太大，每一已知物種都代表至少有另四個物種尚未被發現。
海洋普查 驚藏23萬物種
80％仍成謎 部分物種濫捕減90% 2010年08月04日蘋果日報
【李寧怡╱綜合外電報導】說到海洋生物，大多數人首先聯想到魚類。但根據一項長達10年、耗資6.5億美元（約206.5億元台幣）的全球海洋生物普查結果，已知的海洋生物中，物種最繁多的是甲殼類動物，魚類只排第三名。這項普查也發現，人類對海洋的認識仍相當有限，據估計海洋中至少有23萬物種，其中80%的海洋物種至今不為世人所知。
這項「海洋生物普查」（Census of Marine Life）計劃，10年來動員360位全球各地科學家，調查25個海域的物種，初步結果公布在開放資源的線上期刊《公共科學圖書館》（PloS ONE），詳細報告將在10月發表。
甲殼類數量居冠
調查發現，各海域中平均有1萬750種物種，其中澳洲及日本海域物種最繁多，各有3萬3000種物種，緊追在後的是中國海域、地中海及墨西哥灣。
就海洋生物種類的多寡而言，蝦、蟹等甲殼動物佔19%居第一，其次是章魚、魷魚等軟體動物佔17%，鯊魚等魚類佔12%是第三名，受人歡迎的鯨魚與其他脊索動物總共只佔1%。
此外，藻類、單細胞生物、海鳥及海中哺乳動物是最普遍的海洋生物，都出現在不只一個海域。其中外形怪異的「魚」更被稱為「深海裡的凡人」，全球海域逾1/4都可見其身影。
地中海黑鮪銳減
這項大規模普查的目的之一，是及時將瀕危海洋生物列冊。紐西蘭奧克蘭大學學者柯斯泰羅（Mark Costello）表示，海洋物種已大規模減少，部分物種的數量甚至已減少90%，即將瀕臨絕種。
備受遊客青睞的地中海雖然物種繁多，所受威脅也最嚴重，原因包括棲息地縮減、污染、過度捕撈及全球暖化。過去30年，地中海的黑鮪魚就遭到濫捕，是數量減少最明顯的魚類。
海洋普查 初步結果
◎已知物種最多的海域，為澳洲及日本海域，各有約3萬3000種物種
◎已知物種最少的海域，為波羅的海及美國東北部海域，各有約4000種物種
◎就海水量而言，物種最多的海域在波羅的海及中國
◎就海床面積而言，物種最多的海域在南韓、中國、南非及波羅的海
◎甲殼動物在阿拉斯加、南極、北極、巴西、加州、加勒比海等海域的物種中，佔22%至35%，但在波羅的海僅佔10%
◎軟體動物在澳洲及日本海域的物種中佔26%，但在波羅的海、加州、北極等海域僅佔5%至7%
資料來源：綜合外電
〔國際新聞中心／綜合報導〕滿口尖牙、一臉凶惡的龍魚，只不過是海洋生物普查新發現的眾多物種之一。2日公佈的最新海洋生物普查指出，澳洲和日本海域號稱擁有全球最多樣的海洋生物，但浩瀚的海洋中，生物多樣得令人驚歎，估計至少仍有60%物種尚待發掘；而有別於一般人對海洋的刻板印象，海中最多的不是魚類，而是螃蟹、龍蝦這些甲殼類生物。
澳日海域 生物最多樣
這項耗資6億5000萬美元的海洋生物普查，在10年間觀察了25個主要海域，目前尚待印尼、菲律賓、馬達加斯加與阿拉伯海等地的資料傳回，即可彙整成更完整的資料，並於10月公佈更大型的結果。不過科學家表示，儘管經過10年研究，科學家對海洋也僅多了些約略的了解，以海洋如此無邊無際的情況看來，10月的報告也不可能一窺海洋全貌。
2日公佈的普查結果顯示，10年來發現超過1200種新海洋生物，但是海洋中至少還有60%到80%的生物是人類所不知的。每個海域平均有1萬0750個已知、已命名的物種，澳洲和日本海域海洋生物種類最多，各擁有約3萬3000種已知生物；而除了澳洲與日本之外，海洋生物最多樣的前5名還包括中國外海（2萬2365種）、地中海（1萬6848種）與墨西哥灣（1萬5374種）。
普查也發現，有別於一般人想到海洋就想到魚與鯨魚的既定觀念，海洋中的最大族群其實是甲殼類，約佔19%，魚類僅佔12%，鯨魚更只佔2%。
相對來說較為孤立的海域，如澳洲、紐西蘭、南極與南非，特有物種最多；反觀地中海地區，卻有高達600種外來物種，佔全部物種的4%。地中海海域也是人類活動威脅海洋生態最明顯的兩大地區之一，過度捕魚與污染情況相當嚴重；另一個受威脅海域則是4月間因英國石油油井漏油遭遇生態浩劫的墨西哥灣。
這份由80多國、近400位科學家彙整的資料，旨在盡可能正確地評估海洋的多樣、豐富與生態分布。領導研究的奧克蘭大學寇斯特羅博士表示，迫切需要這份清單的原因有二：第一，分類學專業能力下滑，影響到發現與描繪新物種的能力；第二，海洋生物就像陸地物種一樣，因人類活動數量大幅減少、甚至走向滅絕。
普查結果刊載在「公共科學圖書館期刊」（PLoS ONE）。
海洋生物 甲殼、貝類物種最豐富
2010-08-04 中國時報 【尹德瀚／綜合三日外電報導】
一般人認為海洋中最豐富的生物就是魚類，但根據國際「海洋生物普查計畫」（Census of Marine Life， CoML）二日發布的《海洋生命報告》（What Lives in the Sea），海洋中最豐富的生物其實是螃蟹和龍蝦等甲殼類；而澳洲和日本周遭海域的海洋生物則是最多樣化。
「海洋生物普查計畫」始於二○○○年，全球共有三百六十位科學家參與，十年來耗資六億五千萬美元，在北極與南極之間的廿五個水域調查海洋生物的多樣性、分布和豐富程度，並將結果發布於免費開放的「公共科學圖書館」（Public Library of Science）「PLoS ONE」網站。
這項調查在各個海域平均發現一萬七百五十個物種（species），其中以日本和澳洲海域的物種特別豐富，各有近三萬三千種，另外中國海域、地中海和墨西哥灣的海洋生物也很多樣，分別位居三至五名。
據調查，物種最豐富的甲殼類占海洋生物約二○％，其次是烏賊、章魚和蛤蜊等貝類，約占一七％，魚類則排名第三，約占一二％；至於海藻和原蟲（protozoa）等單細胞微生物約占一○％。而以分布狀態而言，海藻、原蟲和海洋哺乳動物分布最普遍。
接下來，「海洋生物普查計畫」還將調查菲律賓、馬達加斯加島和阿拉伯海等海域。科學家認為普查仍不完整，海洋實在太大，每一已知物種都代表至少有另四個物種尚未被發現。
海洋普查 驚藏23萬物種
80％仍成謎 部分物種濫捕減90% 2010年08月04日蘋果日報
【李寧怡╱綜合外電報導】說到海洋生物，大多數人首先聯想到魚類。但根據一項長達10年、耗資6.5億美元（約206.5億元台幣）的全球海洋生物普查結果，已知的海洋生物中，物種最繁多的是甲殼類動物，魚類只排第三名。這項普查也發現，人類對海洋的認識仍相當有限，據估計海洋中至少有23萬物種，其中80%的海洋物種至今不為世人所知。
這項「海洋生物普查」（Census of Marine Life）計劃，10年來動員360位全球各地科學家，調查25個海域的物種，初步結果公布在開放資源的線上期刊《公共科學圖書館》（PloS ONE），詳細報告將在10月發表。
甲殼類數量居冠
調查發現，各海域中平均有1萬750種物種，其中澳洲及日本海域物種最繁多，各有3萬3000種物種，緊追在後的是中國海域、地中海及墨西哥灣。
就海洋生物種類的多寡而言，蝦、蟹等甲殼動物佔19%居第一，其次是章魚、魷魚等軟體動物佔17%，鯊魚等魚類佔12%是第三名，受人歡迎的鯨魚與其他脊索動物總共只佔1%。
此外，藻類、單細胞生物、海鳥及海中哺乳動物是最普遍的海洋生物，都出現在不只一個海域。其中外形怪異的「魚」更被稱為「深海裡的凡人」，全球海域逾1/4都可見其身影。
地中海黑鮪銳減
這項大規模普查的目的之一，是及時將瀕危海洋生物列冊。紐西蘭奧克蘭大學學者柯斯泰羅（Mark Costello）表示，海洋物種已大規模減少，部分物種的數量甚至已減少90%，即將瀕臨絕種。
備受遊客青睞的地中海雖然物種繁多，所受威脅也最嚴重，原因包括棲息地縮減、污染、過度捕撈及全球暖化。過去30年，地中海的黑鮪魚就遭到濫捕，是數量減少最明顯的魚類。
海洋普查 初步結果
◎已知物種最多的海域，為澳洲及日本海域，各有約3萬3000種物種
◎已知物種最少的海域，為波羅的海及美國東北部海域，各有約4000種物種
◎就海水量而言，物種最多的海域在波羅的海及中國
◎就海床面積而言，物種最多的海域在南韓、中國、南非及波羅的海
◎甲殼動物在阿拉斯加、南極、北極、巴西、加州、加勒比海等海域的物種中，佔22%至35%，但在波羅的海僅佔10%
◎軟體動物在澳洲及日本海域的物種中佔26%，但在波羅的海、加州、北極等海域僅佔5%至7%
資料來源：綜合外電
2010年8月1日 星期日
2010年7月28日 星期三
日本超大黑鮪魚 24年來首見
"2010/07/17 02:50" 盧映孜
（法新社東京16日電） 日本沿海捕獲1條巨大黑鮪魚，今天在東京魚市場引來眾人側目。這條重達445公斤、1986年以來最大的黑鮪魚售價320萬日圓（約3萬6700美元）。
管理築地魚市場的東京都政府官員表示：「許多在市場裡工作的人，從來沒有見過這麼大條的鮪魚。」築地魚市場是全球最大的海鮮市場。
官員說，這條每公斤拍賣7200日圓的黑鮪魚已清除內臟和鰓部，顯示它本周在長崎縣外海捕獲時，比現在還要重。
他說：「鮪魚重量超過400公斤相當罕見。」
1986年4月在築地所賣出的最大條日本鮪魚重達496公斤，但從世界各大洋運來這裡販賣的最大條鮪魚，是1條1995年在加拿大捕獲重達497公斤的鮪魚。（譯者：中央社盧映孜）
（法新社東京16日電） 日本沿海捕獲1條巨大黑鮪魚，今天在東京魚市場引來眾人側目。這條重達445公斤、1986年以來最大的黑鮪魚售價320萬日圓（約3萬6700美元）。
管理築地魚市場的東京都政府官員表示：「許多在市場裡工作的人，從來沒有見過這麼大條的鮪魚。」築地魚市場是全球最大的海鮮市場。
官員說，這條每公斤拍賣7200日圓的黑鮪魚已清除內臟和鰓部，顯示它本周在長崎縣外海捕獲時，比現在還要重。
他說：「鮪魚重量超過400公斤相當罕見。」
1986年4月在築地所賣出的最大條日本鮪魚重達496公斤，但從世界各大洋運來這裡販賣的最大條鮪魚，是1條1995年在加拿大捕獲重達497公斤的鮪魚。（譯者：中央社盧映孜）
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